Takashi Natsume od dziecka widzi duchy, co czyni go kimś innym zarówno dla ludzi, jak i dla istot z zaświatów. Po śmierci babci Reiko dziedziczy "Księgę Przyjaciół" - zbiór imion duchów, które babcia podporządkowała sobie za życia. Teraz chłopak postanawia oddać im wolność i przywrócić ich prawdziwe imiona, często mierząc się z emocjami, wspomnieniami i samotnością. Wraz z towarzyszącym mu kocim duchem Nyanko-senseiem, Natsume wyrusza w cichą podróż przez świat ludzi i duchów.